Η άρτια δομή του Εθνικό Μουσείο του Μεσαίωνα - Κλουνί, ενδέχεται να είναι ίσως και το πιο άριστο υπόδειγμα μεσαιωνικών κτιρίων που διατηρούνται ανέπαφα μέχρι και σήμερα. Το παραμυθένιο αυτό κάστρο χτίστηκε το 1334 και αποτελούσε ξενώνα/μοναστήρι για τους ηγούμενους του Κλουνί.
Επαναδομήθηκε αργότερα από τον Ζάκ Ντ' Αμπουά κατά την περίοδο 1485-1510, παραμένοντας όπως έχει μέχρι και σήμερα. Αποτελώντας ένα πάντρεμα Αναγεννησιακού και Γοτθικού χαρακτήρα, λειτούργησε το 1843 ως δημόσιο μουσείο όπου φυλάσσονταν κειμήλια και έργα ανεκτίμητης αξίας του Γοτθικού και Μεσαιωνικού παρελθόντος της Γαλλίας. Με το πέρασμα των χρόνων ωστόσο, αυτά εξαφανίστηκαν με αποτέλεσμα σήμερα, να μην κατέχει τίποτα πλέον που συνδέεται με το αββαείο Κλουνί.
Αρχικά, αποτελούσε μέρος ενός μεγαλύτερου συμπλέγματος κτιρίων που περιλάμβανε επίσης ένα κτίσμα που πλέον δε υφίσταται, το οποίο προοριζόταν να γίνει θρησκευτικού τύπου κολλέγιο στη θέση του σημερινού Σορμπόν. Αν και προοριζόταν αρχικά για τη χρήση των ηγουμένων του Κλουνί, η κατοικία αναλήφθηκε από τον Ζακ Ντ' Αμπουά, αρχιεπίσκοπος του αββαείου Ζουμιέζ στο Κλερμοντάντ, και επανοικοδομήθηκε ώσπου έφτασε την παρούσα της μορφή κατά την περίοδο 1485-1500.
Ανάμεσα σε διάφορους κατόχους του παλιού αββαείου ήταν και η Μαίρη Τυδώρ, η αδελφή του Ερρίκου Η΄ της Αγγλίας. Αποτέλεσε κατοικία της το 1515 μετά από τον θάνατο του συζύγου της Λουδοβίκου ΙΒ΄ της Γαλλίας, του οποίου ο διάδοχος, Φραγκίσκος Α΄, την κράτησε υπό επιτήρηση, για να διαπιστώσει αν ήταν έγκυος ή όχι.
To Εθνικό Μουσείο του Μεσαίωνα - Κλουνί στεγάζει ποικίλα σημαντικά μεσαιωνικά κειμήλια, και περηφανεύεται ιδίως για την τρομερή συλλογή μεσαιωνικών εργόχειρων του, η οποία περιλαμβάνει και το πασίγνωστο μεσαιωνικό έργο "Η γυναίκα και ο μονόκερος". Άλλα ξεχωριστά εκθέματα που στεγάζει το Εθνικό Μουσείο Κλουνί περιλαμβάνουν και τα μεσαιωνικά γλυπτά από τις αρχές του έβδομου και όγδοου αιώνα, τα κειμήλια από χρυσό και ελεφαντόδοντο, τα παλαιά έπιπλα, τα γυάλινα βιτρό και φυσικά τα περίτεχνα χειρόγραφα για τα οποία άλλωστε φημίζεται.
Μπορεί να το επισκεφτεί κανείς καθημερινά εκτός από τις Τρίτες από τις 9:15πμ–5:45μμ με κόστος εισόδου στα 8 ευρώ και είναι δωρεάν κάθε πρώτη Κυριακή του μήνα.